מלחמת העולם השניה הביאה לקיצה את הנוכחות היהודית בפולין, בת מאות השנים. "מצעדי החיים", המתקיימים כל האביב במחנה הריכוז אושוויץ בירקנאו, בהם משתתפים צעירים פולנים וישראלים, מזכירים מדי שנה את הטרגדיה של השואה.
אושוויץ היה מרכז השמדה המונית של יהודים, הגדול ביותר שנבנה על ידי הגרמנים על אדמת פולין. שאריות מן המשרפות, תאי הגזים, בנייני מקלחות ובור שאליו פינו את אפרי הקורבנות הפכו לתצוגה מוזיאלית. מחנות הריכוז נאציים שבהם יהודים נהרגו והומתו היו גם בטרבלינקה, בלזץ, מיידנק, חלם, שְטוּטוֹב וסוֹבִּיבּוֹר.
בסוביבור, בשנת 1943, 600 אסירים יהודים התמרדו וברחו והתחבאו ביערות. הנאצים רצחו בתגובה את כל מי שנשאר במחנה ו"יישרו" את שטחי המחנה. מהמחנה לא שרד כמעט שום דבר: לא מבנים, לא מסמכים. את המלחמה שרדו כ-50 מהבורחים.
נקודה חשובה על מפת השואה הם הגטאות מהם נשלחו היהודים למחנות ההשמדה. הגטאות הגדולים ביותר היו בוורשה, לודז' וקרקוב. על שטחו של גטו ורשה הוקם "מסלול הזיכרון, הסבל והמאבק היהודיים": סדרה של לוחות ואנדרטאות זיכרון, מאנדרטת גיבורי גטו, דרך אנדרטה לזכר ארגון ז'גוטה (Żegota), אלון התקווה, קטע מחומת הגטו, ועד לקיר הזיכרון לאוּמְשְלָאגְפְּלָאץ הנמצא ליד השלוחה הצדדית של פסי הרכבת, משם גורשו היהודים לטרבלינקה.
ממש ליד גבולות גטו לודז', בתחנת הרכבת רָאדוֹגוֹשְץ' (Radogoszcz), אחד ממקומות הגרוש, השתמרו פסי הרכבת ששימשו בעת הגרוש והשתמרה גם תחנה מעץ מתקופה זו.
מהגטו בקרקוב נשארו החומות ליד רחוב לְבוֹבְסְקָה (ul. Lwowska) ו"בית המרקחת מתחת לנשר" שהיום משמש כמוזיאון לאומי. בעליה, פולני, תאר את הארועים בזיכרונותיו, "בית מרקחת בגטו קרקוב".
בשואה הושמדו לא רק אנשים אלא גם העדויות לתרבותם. קאז'ימייז' בקרקוב, הוא מקום קסום בו עדיין ניתן לחוש באוירת השכונה היהודית הישנה. יש כאן מה לראות: שבעה בתי כנסת, בית קברות יהודי ליד בית כנסת רמ"א (Remuh) ומוזיאון ההיסטוריה והתרבות של יהודי קרקוב הממוקם בבית הכנסת הפולני העתיק ביותר, "סטארה" (Stara), שמקורו במאה ה-15.